中區國稅局雲林縣分局表示，於促進產業升級條例廢止後及產業創新條例施行後之過渡期間，公司依廢止前促進產業升級條例規定所享有之租稅優惠如尚有未抵減之稅額，可於99年以後年度繼續抵減。至其與產業創新條例規定自99年1月1日起施行之研究發展支出投資抵減同一年度一併適用時，應先依產業創新條例第10條規定抵減當年度研究發展支出投資抵減稅額，如仍有應納稅額尚未抵減，再依廢止前促進產業升級條例第6條規定抵減前開經稅捐稽徵機關核定尚未抵減之投資抵減稅額。又有關抵減總金額以當年度應納營利事業所得稅額之50%為限，但廢止前促進產業升級條例第6條規定之最後年度抵減稅額，不在此限。
雲林縣分局特舉例予以說明，甲公司99年度應納營利事業所得稅額2,000元，符合產業創新條例之投資抵減稅額300元(假設未超過限額)，另有經稽徵機關核定尚未抵減稅額95年度600元、96年度800元，有關該年度申報研究發展支出之投資抵減稅額計算如下：
1.先依產業創新條例規定抵減當年度研究發展支出投資抵減稅額300元。
2.仍有應納稅額1,700元(2,000-300)尚未抵減，公司可依限抵減廢止前促進產業升級條例第6條規定之投資抵減稅額。99年度應納稅額2,000元之50%為1,000元，扣除依產業創新條例規定抵減之稅額300元，尚可抵減700元，加上95年度(最後抵減年度)不受限制之抵減稅額600元，99年度實際抵減稅額為1,600元【300(99年)+700(96年度)+600(95年度)】。
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