近年來企業為擴大經營規模，降低成本，提高競爭力，公司間之合併屢見不鮮；不僅製造業如此，連服務業也不例外。不過公司合併前的虧損，是否能由存續或新設公司扣除節稅呢？
南區國稅局表示，公司合併，如果虧損及申報扣除年度，會計帳冊簿據完備，均使用藍色申報書或經會計師查核簽證，而且如期辦理申報並繳納所得稅額者，合併後存續或新設公司於辦理營利事業所得稅結算申報時，可以將各該參與合併之公司在合併前經該管稽徵機關核定尚未扣除的前5年內各期虧損，及消滅公司經稽徵機關核定之決算虧損，按各該公司股東因合併而持有合併後存續或新設公司股權之比例計算之金額，自虧損發生次一年度起5年內，從合併後存續或新設公司當年度純益額中扣除。
該局舉例說明，轄內甲公司在96年與持有其100﹪股權的乙公司合併，甲公司為存續公司，乙公司為消滅公司。甲公司96年度營利事業所得稅結算申報，列報前5年核定虧損本年度扣除額6千萬元（含乙公司之95年度結算虧損1千萬元及96年度決算虧損5千萬元）。其中乙公司96年度決算虧損，依法應於次一年度（即97年度）始可列報，國稅局乃核定甲公司前5年核定虧損扣除額1千萬元。
甲公司不服，循序提起行政救濟，經最高行政法院判決駁回。判決指出，企業併購法第38條第1項係為避免公司併購前之虧損，如因併購而一概不准扣除，將造成併購之租稅障礙，本於立法政策，准扣除所合併公司於合併前虧損的規定。依該條項所稱「合併前經該管稽徵機關核定尚未扣除之前5年內各期虧損」，自然不包含合併年度的結算或決算申報之當期虧損。雖同條項後段有「自虧損發生年度起5年從當年度純益額中扣除。」的規定，但因得主張扣除之期間，已有「前5年內各期虧損」的明確規定，自然不得將同一法條予以割裂解釋，而主張合併後消滅公司於合併當年度之合併前虧損，亦屬所謂「前5年內各期虧損」，可在合併後存續公司的合併當年度純益額中列報扣除。
南區國稅局籲請營利事業，如有合併應注意消滅公司決算虧損的扣抵期間，以免遭剔除補稅。
新聞稿聯絡人：法務一科簡稽核 06-2298067
彙總編號：10109-1702
