財政部日前核釋，應辦理最低稅負申報之營利事業計算依所得基本稅額條例(以下簡稱本條例)第7條第1項規定列為基本所得額加計項目之證券及期貨交易所得及國際金融業務分行所得時，如有同條第2項規定經稽徵機關核定之以前年度損失，其損失應按發生年度順序，自當年度各該款所得額中扣除。當年度無各該款所得額可供扣除或扣除後尚有未扣除餘額者，始得遞延至以後年度依序扣除，以落實最低稅負制精神，並維護租稅公平。
財政部表示，本條例第7條第2項規定經稽徵機關核定之證券及期貨交易損失及國際金融業務分行虧損，「得」自發生年度之次年度起5年內，從當年度各該款所得中扣除，係指營利事業「得」適用虧損自以後年度所得額扣除之規定，尚非指營利事業適用虧損自以後年度所得額扣除之規定時，得自行選擇扣除順序；扣除金額亦應以當年度各該款項目發生之所得額為限，俾正確計算營利事業基本所得額。
該部舉例說明，假設甲公司97年度至100年度證券交易所得(損失)分別為(3,000)萬元、(3,500)萬元、4,000萬元及5,000萬元；99年度及100年度課稅所得額分別為(5,000)萬元及2,000萬元。則甲公司99及100年度申報計算基本所得額時，其97及98年度證券交易損失應依序自99年度及100年度證券交易所得中扣除：(如附件)
財政部提醒，營利事業於辦理最低稅負申報計算應加計證券及期貨交易所得及國際金融業務分行所得時，如有經稽徵機關核定之前5年損失可供扣除，應按各該款損失發生年度順序，以當年度各該款所得額為限，逐年依序扣除，尚不得自行選擇扣除年度及金額。
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