財政部說明，我國自95年度起實施最低稅負制，目的在使享有過多所得稅減免優惠之營利事業對國家財政能有基本之貢獻。依據該制度之設計，營利事業繳納之一般所得稅額如高於基本稅額，完全不受該制度之影響；低於基本稅額者，則需繳納差額。調高基本稅率，僅對後者營利事業有所影響，而影響大小決定於其享有租稅減免之多寡、是否享有信賴保護利益（即不適用最低稅負制之免稅所得）及繳納一般所得稅額高低等因素。
報載某大半導體公司反映其102年度將因基本稅率調高2個百分點而增加所得稅負擔約30億元，據瞭解主要係因該公司不適用最低稅負制之信賴保護利益將逐漸屆期，計入基本所得額之金額增加，致其最低需繳納之基本稅額上升；又因我國營利事業所得稅稅率自99年度起已由25%大幅調降為17%，該公司應稅所得原應繳納之一般所得稅額大幅降低，遠低於應繳納之基本稅額而應補繳差額，尚非全因基本稅率提高所造成。此由該公司95至99年度免稅所得完全享有信賴保護利益期間，其實際稅率僅約6%，即使基本稅率提高亦完全不影響其營利事業所得稅負可證；至於100年則因其信賴保護利益部分屆期，營利事業所得稅稅率大幅調降致其一般所得稅額偏低而需補繳基本稅額。
財政部誠摯呼籲，本次證券交易所得課稅制度之改革，主要係為回應社會對公平正義及縮小貧富差距之呼求，落實個人有所得就課稅之精神，故個人證券交易所得併入綜合所得稅課徵。至於營利事業部分，考量我國已實施兩稅合一制度，營利事業所繳稅款僅為暫繳性質，故調整最低稅負之稅率2個百分點，使享有免稅優惠之營利事業對國家財政之基本貢獻由10%提高為12%。證券交易所得課稅制度及其配套方案如能完成立法，可落實公平正義目標並有效縮小我國貧富差距，希望各界大力支持，以建立國家可長可久之所得稅制度。
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