嘉義市政府稅務局表示，農業用地經法院拍賣，地上違章建物於拍定後補辦建照手續，經核發使用執照後，農業主管機關才核發農業用地作農業使用證明書，因拍定當時不符合作農業使用之要件，無法依土地稅法第39條之2第1項規定不課徵土地增值稅。
該局指出，法院拍賣之農業用地，拍定時有違章建物，該違章建物雖於拍定後補辦建照手續及申領使用執照，無法追溯認定該建物自始為合法，縱然當事人於拍定後補辦使用執照相關手續，並憑以申請核發農業用地作農業使用證明書，仍無不課徵土地增值稅之適用。至於可否適用以89年1月28日當期公告土地現值為原地價課徵土地增值稅，應視該土地於89年1月28日是否符合「作農業使用之農業用地」之要件而定。
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