為解決營利事業依法補繳超額分配之可扣抵稅額可否計入股東可扣抵稅額帳戶之爭議，財政部於100年6月9日核釋營利事業依法補繳超額分配之可扣抵稅額，得於繳納日計入股東可扣抵稅額帳戶，以合理反映股東可扣抵稅額帳戶餘額。
國稅局表示：營利事業補繳之超額分配可扣抵稅額非屬營利事業階段繳納之營利事業所得稅，依法尚不得計入股東可扣抵稅額帳戶，惟鑑於所得稅法第114條之2第1項規定意旨，係為簡化稅務行政，爰規定營利事業如有超額分配可扣抵稅額予股東扣抵之情形，由該營利事業負補繳之義務，免從股東端更正追補稅額；又考量兩稅合一制係為消除營利事業所得稅與綜合所得稅重複課稅之情形，營利事業既已填補該超額分配之稅額，似宜准其計入股東可扣抵稅額帳戶，以免影響未來股東之抵稅權。
該局特別提醒，營利事業於該令發布日起補繳該超額分配之可扣抵稅額，得依所得稅法第66條之3第1項第6款及第2項第6款規定，於補繳日計入股東可扣抵稅額帳戶餘額。另營利事業於該令發布日前補繳且尚未核課確定者，亦有其適用。【＃177】
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