嘉義市政府稅務局表示：作農業使用的農業用地，移轉與自然人時，依土地稅法第39條之2規定，可申請不課徵土地增值稅。但須由義務人及權利人雙方於土地現值申報書註明「農業用地」字樣提出申請，未註明者，得於土地增值稅繳納期間屆滿前補行申請，逾期不得申請不課徵土地增值稅。而依規定得由權利人單獨申報土地移轉現值者（例如法院判決移轉案件），可由權利人單獨提出申請。另經法院拍賣的農地，因無須申報土地移轉現值，所以義務人（原土地所有權人）或權利人（拍定人）可於收到稅捐稽徵機關通知之次日起30日內提出不課徵申請，逾期申請將不能適用不課徵規定。
稅務局進一步表示：土地稅法修正施行後第1次移轉或取得不課徵土地增值稅後再移轉的農地，在89年1月28日修法當時如為符合作農業使用之農業用地，當事人可檢附土地使用分區證明書（加註發布實施日期），申請依該修正施行日（89年1月）當期之公告土地現值為原地價計算漲價總數額，課徵或不課徵土地增值稅；如此可降低漲價總數額，減輕土地增值稅負擔。
