依據財政收支劃分法第12條規定，契稅課稅收入80%係屬所在地鄉鎮市公所的收入、20%由縣統籌分配予鄉鎮市公所，所以實質上契稅課稅收入100%都是鄉鎮市公所的稅收，縣政府一毛錢也拿不到。有媒體報導，部分民眾質疑稅捐局輔導集村農舍補繳契稅是因為「縣府缺錢為辦明年燈會，想盡辦法向民眾徵稅」，這完全是誤解了。
有關集村農舍補徵契稅案，新竹縣政府稅捐稽徵局表示，依據契稅條例第12條第2項規定：「建築物於建造完成前，因買賣、交換、贈與，以承受人為建造執照原始起造人或中途變更起造人名義，並取得使用執照者，應由使用執照所載起造人申報納稅。」民眾取得房屋方式如符合上開規定，按同條例第16條第5項規定，使用執照所載起造人應於主管建築機關核發使用執照之日起60日內申報契稅。
監察院99年針對全國以集村方式興建農舍案之調查報告指出，集村農舍成功案件幾乎均為建築業者採預售方式，以豪華、有農場之平價別墅社區(獨棟或雙併、安全、集中社區管理)為訴求，對外召集20戶為起造人，並由業者為其規劃、申請設計及興建。其中，全國85個建案本縣就占了40個，且40個建案均已取得使用執照。
稅捐局進一步說明，由於監察院已揭露了此項訊息，該局於去（100）年中即訂定宣導查核計畫，但為顧及民眾可能不了解此項規定，為保障民眾權益並降低衝擊，陸續於下半年發布新聞廣為周知，今（101）年農曆春節過後(2月初)於集村農舍社區採逐戶投遞稅務快訊之政令宣導方式，讓民眾知悉如取得之集村農舍如果符合契稅條例第12條第2項規定應申報契稅者，請於101年3月31日前向當地鄉鎮市公所申報，以符合稅捐稽徵法第48條之1免罰之規定。又為確保民眾獲得此一訊息，於3月3日、3月5日、3月6日及3月7日陸續以雙掛號郵寄宣導函，這些作為都不是已認定集村農舍所有權人就一定要繳納契稅，只有取得方式符合契稅條例規定者，才須要申報並於收到核定繳款書30日內繳納契稅。
契稅之課徵係採申報制，與地價、房屋稅由稅捐稽徵機關按照底冊定期核發稅單之課徵方式不同。稅捐局特別呼籲：納稅義務人如屬契稅條例第12條第2項規定應申報契稅而未申報者，依稅捐稽徵法第21條之規定，於核課期間7年內如經該局查獲確有逃漏稅事實者，依契稅條例第26條規定，除應補繳稅額外，須加處應納稅額1倍以上3倍以下之罰鍰。民眾如有應申報契稅而未申報之情形，請於該局查核前即自動補報補繳，以免受罰。
