99年11月8日經濟部與財政部共同訂定發布之「公司研究發展支出適用投資抵減辦法」，經實施1年後，基於簡政便民考量及釐清疑義之必要，業經2部會同修正該辦法部分條文，於100年12月27日會銜發布，並自發布日施行。此次修正對申請程序的影響，主要是自100年度起，公司如有從事高度創新之研究發展活動，向中央目的事業主管機關申請研究發展事實之審查認定與專案認定，不用再分2階段提出申請了，但申請期間也由原來5個月縮短為4個月。
南區國稅局表示，研發支出投資抵減辦法本次修正後，公司從事研究發展支出申請適用投資抵減者，自100年度起，公司研發支出專案認定與研究發展活動審查認定之申請期間均為於辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前3個月起至申報期間截止日，且應併案同時提出。以會計年度採曆年制之公司為例，公司100年度如有從事高度創新之研究發展活動，則應於今（101）年2月1日至5月31日止，向所屬產業之中央目的事業主管機關提出研究發展計畫，申請認定是否具有高度之創新及符合研發活動之樣態等事實；另如有購買專為用於研究發展之專用技術、專業性或特殊性資料庫等4項支出，則應併同研究發展活動之審查認定，提出專案認定。
該局特別提醒，公司從事研究發展支出申請適用投資抵減者，除應如期向中央目的事業主管機關申請研究發展事實之認定外，別忘了還要將相關支出金額填報於當年度營利事業所得稅結算申報書之規定書表內，以確保公司權益。
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彙總編號：10103-1101
