集村農舍依據農業發展條例第18條及農業用地興建農舍辦法等相關法令規定，應由取得農業用地之農民，於不影響農業生產環境及農村發展，在自有農業用地上申請以集村方式委託營造廠商興建農舍。惟監察院監察委員於99年針對全省以集村方式興建農舍案之調查報告指出，集村農舍成功案件幾乎均為建築業者以推動一般建案的手法推出，採預售屋方式，並以「豪華、有農場的平價別墅社區」為訴求，對外召集20戶為起造人，再由業者為其規劃、申請設計及興建。
新竹縣政府稅捐局表示，按契稅條例第12條第2項規定，建築物於建造完成前，因買賣以承受人為建造執照原始起造人，並取得使用執照者，應由使用執照所載起造人申報納稅。本縣集村農舍建案為符合農業發展條例第18條及農業用地興建農舍辦法等相關法令規定，形式上是自地自建，實際上卻是建商以預售屋方式召募興建，此類案件依上開契稅條例規定，應該是由使用執照所載起造人於取得使用執照60日內申報繳納契稅。
監察院公布調查報告後，財政部賦稅署中部辦公室即要求各地方稅捐機關查核集村農舍有無逃漏契稅情事，其他縣市稅捐機關均進行查核(有些縣市係輔導申報繳納，有些縣市係查核補稅處罰)。新竹縣稅捐稽徵局已於100年訂定查核計畫，但考量本縣建案最多，全省85個建案本縣就占了40個，為保障民眾權益，在查察前透過發布新聞稿方式進行宣導，先輔導民眾自動補報補繳，以符合稅捐稽徵法第48條之1納稅義務人在未經檢舉、未經稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查前自動補報補繳免罰之規定。
該局進一步說明，契稅之課徵係採申報制，不像地價、房屋稅由稽徵機關按照底冊定期核發稅單，該局為使民眾在查核前知道此訊息，故另在2月初於集村農舍社區採逐戶投遞稅務快訊之政令宣導方式通知民眾知悉，請民眾於今(101)年3月31日前，主動向當地鄉鎮市公所申報，以免受罰。另日前該局對於尚未主動申報者，已正式以公文形式發出輔導函並檢附申報書供民眾申報。
最後該局特別呼籲，民眾如係像監察院調查結果所示，是向建商購買預售屋之集村農舍，請於3月31日前填妥契稅申報書向當地之鄉鎮市公所申報，即可免加徵怠報金及科處罰鍰。
