財政部表示，依據所得基本稅額條例第16條第3款規定，營利事業依促進產業升級條例第9條規定免徵營利事業所得稅之所得額，如屬於94年12月31日以前已取得中央目的事業主管機關核發之新興重要策略性產業投資計畫核准函，並已開工，且未變更該投資計畫之產品或服務項目者，得繼續免予計入營利事業基本所得額。依此，營利事業於94年12月31日以前取得中央目的事業主管機關(如經濟部工業局)核發之投資計畫核准函，如在95年1月1日以後申請於原核准投資計畫中「新增」產品或服務項目並經核准者，因其申請新增產品或服務項目係發生於實施所得基本稅額條例之後，故該新增之產品或服務項目依促進產業升級條例及其相關法令規定計算之免稅所得額，自不得適用該條例第16條免予計入營利事業基本所得額之規定。
至該營利事業原於94年12月31日以前經核准之投資計畫產品或服務項目，仍存在是否將因嗣後新增產品或服務項目而影響其適用所得基本稅額條例第16條規定之問題。財政部表示，所得基本稅額條例第16條規定之立法意旨，係為維持租稅之安定性，並考量企業投資建廠之期間，使業者能夠在短期內儘速完成投資規劃，以避免新制實施之衝擊過大，乃規定符合該條第1款至第5款之要件者，其免稅所得額不受所得基本稅額條例實施之影響，以兼顧租稅公平及產業發展。參考前述立法意旨，財政部於96年7月4日發布解釋，明定營利事業於95年1月1日以後申請於其94年12月31日以前經中央目的事業主管機關核准之投資計畫中新增產品或服務項目並經核准者，如符合(1)未變更原經核准投資計畫之產品或服務項目，且(2)未因核准新增之產品或服務項目而影響其原經核准之產品或服務項目依促進產業升級條例及其相關法令規定計算之免稅所得額等要件者，該原經核准投資計畫之產品或服務項目依規定計算之免稅所得額，仍得依所得基本稅額條例第16條規定，免予計入該營利事業之基本所得額。
財政部表示，上開解釋涉及公司申請變更原於94年12月31日前經核准之投資計畫，其變更後之投資計畫相關之免稅所得額得否適用所得基本稅額條例第16條規定之權益，爰提醒公司於申請變更94年12月31日前已核准之投資計畫時，應予審慎評估。
