醫師受僱擔任醫院、診所之負責人，即為所得稅法規定之扣繳義務人，如有違反扣繳申報繳納義務，係以該受僱醫師為受處分主體。 中區國稅局表示，所得稅法規定，納稅義務人有薪資、利息、租金、佣金、權利金、執行業務報酬、競技、競賽或機會中獎獎金或給與、退休金、資遣費、退職金、離職金、終身俸、非屬保險給付之養老金、告發或檢舉獎金及給付在中華民國境內無固定營業場所或營業代理人之國外營利事業之所得者，應由扣繳義務人於給付時依規定扣取稅款，並於每月十日前將上一月內所扣稅款向國庫繳清。扣繳義務人為機關、團體、學校之責應扣繳單位主管、事業負責人、破產財團之破產管理人及執行業務者，納稅義務人為取得所得者。另外財政部亦於70年8月12日以台財稅第36704號函釋補充說明，違反扣繳義務時，按登記之負責人為受處分主體，因此醫師如受僱登記為醫院、診所負責人，即為該醫院、診所之扣繳義務人，如有違反扣繳義務，應受罰鍰之處分。 在該局所受理之行政救濟案件中，就有此類案件，其案情為蔡君具醫師資格受僱為○○診所負責人，88年12月至89年5月給付員工薪資，雖已依稅法規定扣取稅款529,000元，惟並未繳納，該局竹南稽徵所乃限期責令蔡君將所扣稅款繳清。蔡君申請復查，主張其係受聘於○○股份有限公司，擔任其所屬醫院○○診所負責人，非實質上之扣繳行為人，且該診所負責人業於89年6月間變更為陳君，其已非該診所之扣繳義務人。經該局復查決定駁回，因該診所經查設立於88年9月1日，其向國稅局申辦之登記申請書所載負責人係蔡君，該診所雖於89年6月15日歇業，惟執業期間蔡君係登記為該診所負責人，依行為時所得稅法規定，蔡君為上開事實發生時之扣繳義務人，依規定應負辦理扣繳及繳納稅款義務，該診所雖已依規定扣取稅款529,000元，但未依限繳納，該局向蔡君追徵稅款，並無違誤。蔡君仍未甘服，續提起訴願及行政訴訟，惟亦均遭財政部及臺中高等行政法院駁回。 該局呼籲納稅義務人，如登記為醫院、診所之負責人，即應負扣繳義務，不因其為受僱、受聘或合夥之名義負責人而有別。如尚有疑義歡迎利用免費服務電話 0800-000321洽詢，該局將竭誠為您服務。（提供單位：法務二科陳桂足，電話：04－23051111轉1914）
