為釐清公司以分割方式將其獨立營運之營業讓與其100%持有之子公司所產生之所得稅課稅疑義，財政部已發布解釋令予以明確規定。依照首揭解釋，公司依企業併購法規定進行分割，將其得獨立營運之ㄧ部或全部之營業讓與其100％持股之子公司，並取得子公司發行之新股者，在無不當規避或減少納稅義務之情況下，應以被分割資產之帳面價值作為實際成交價格，據以計算被分割公司轉讓資產之損益，依法課徵營利事業所得稅；上開分割讓與之資產中，國外長期股權投資及國內長期股權投資之投資標的非屬證券交易稅條例規定之有價證券者，應按分割時帳面價值(包括採權益法認列之投資收益)減除原始取得成本，計算財產交易所得課稅；國內長期股權投資之投資標的屬證券交易稅條例規定之有價證券者，應按分割時帳面價值減除原始取得成本計算證券交易所得，依所得基本稅額條例規定，計入基本所得額課稅。
財政部指出，依據企業併購法第4條第6款規定，分割指公司將其得獨立營運之ㄧ部或全部之營業讓與既存或新設之他公司，作為既存公司或新設公司發行新股予該公司或該公司股東對價之行為。考量公司以分割方式將其營業讓與其100％持股之子公司並取得其發行之股權，性質屬組織重整，其會計處理係以被分割資產原帳面價值減負債後之淨額作為取得股權之成本，受讓之子公司亦以被分割資產及負債之原帳面價值作為取得資產及負債之成本，該部乃規定，在無不當規避或減少納稅義務之情況下，應以被分割資產之帳面價值作為實際成交價格，據以計算被分割公司轉讓資產之損益課稅。
至於所分割讓與之資產標的中如包括對國內外企業之長期投資，依上揭原則，應按分割時帳面價值(包括採權益法認列之投資收益)減除原始取得成本，計算財產交易所得或證券交易所得，其證券交易所得並應依所得基本稅額條例規定計入基本所得額課稅。
財政部進一步舉例說明，被分割公司分割讓與之資產，包括國外長期股權投資，其原始取得成本為1億元，分割轉讓前已按權益法認列未實現之投資收益6千萬元，因此，分割時帳面價值為1億6千萬元。如該國外長期股權投資之時價為2億5千萬元，則依上揭原則，應按分割時帳面價值(包括採權益法認列之投資收益)1億6千萬元減除原始取得成本，計算財產交易所得課稅。又被分割公司分割讓與之資產，包括國內長期股權投資，其投資標的屬證券交易稅條例規定之有價證券者，則其分割移轉所產生之證券交易所得(按分割時帳面價值為1億6千萬元減除原始取得成本計算)，應依所得基本稅額條例規定，計入基本所得額課稅。
