財政部臺灣省中區國稅局表示，依所得稅法規定，夫妻應合併申報綜合所得稅，惟若有分居事實無法合併辦理申報時，則夫或妻須於綜合所得稅結算申報書內載明配偶姓名、身分證統一編號，並註明已分居，分別向其戶籍所在地稽徵機關辦理結算申報。上開2份申報資料經歸戶合併計算後之全部應納稅額，如經夫妻申請分別開單者，稽徵機關將按個人所得總額占夫妻所得總額比率計算，減除其已扣繳及自繳稅款後，分別發單補徵。惟如僅夫或妻一方據實於結算申報書內載明配偶姓名、身分證統一編號單獨申報，不論有無註明「業已分居」字樣，稽徵機關將以未辦結算申報之一方為違章主體，依所得稅法規定補稅送罰。倘夫妻均未辦理綜合所得稅結算申報，如經查明夫妻確已分居，且其中一方當年度所得符合免辦結算申報標準時，稽徵機關將以未依法辦理結算申報之另一方作為補稅及送罰之違章主體。
該局特別提醒夫妻分居之納稅義務人，95年度綜合所得稅結算申報期間雖已於96年5月31日截止，但如未於結算申報書內註明分居配偶相關資料者，請速更正申報，俾符合免罰規定。如有任何疑問，歡迎民眾利用免費服務電話 0800-000321，該局將竭誠為您服務。（提供單位：法務二科彭明珊，電話：04-23051111轉8222）
