財政部臺灣省北區國稅局表示，公司依企業併購法進行分割，將其得獨立營運之一部或全部之營業讓與既存或新設之他公司，分割後既存或新設公司依企業併購法第37條規定繼受之投資抵減、5年免徵營利事業所得稅等租稅獎勵及被分割公司帳列暫時性差異隨同移轉之稅務處理，依財政部96年10月31日台財稅字第09604546420號令規定如下：
一、因分割而讓與之機器設備投資抵減之繼受：
（一）被分割公司分割予分割後既存或新設公司之機器設備，屬尚未使用且未申請適用訂購時之「網際網路業製造業及技術服務業購置設備或技術適用投資抵減辦法」者，得由分割後既存或新設公司提示載有被分割公司名稱之訂購或交貨證明文件及相關購置憑證，向主管機關提出申請，其經審核符合前開投資抵減辦法規定者，得由分割後既存或新設公司依法申請適用投資抵減。
（二）分割讓與之機器設備屬已適用「公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法」（以下簡稱研發投資抵減辦法）之儀器設備者，分割後既存或新設公司得依企業併購法第37條第1項及第2項規定，繼受被分割公司於併購前就併購之儀器設備依促進產業升級條例第6條及研發投資抵減辦法規定已享有而尚未屆滿之租稅獎勵；該次移轉之儀器設備無須依研發投資抵減辦法第9條第1項規定補繳已抵減之所得稅款及加計利息。
二、已享有而尚未屆滿之重要科技事業5年免徵營利事業所得稅之繼受及免稅所得之計算：
（一）被分割公司依88年12月31日修正公布前促進產業升級條例第8條之1規定適用重要科技事業5年免徵營利事業所得稅者，分割後既存或新設公司依企業併購法第37條第1項及第2項規定，繼受被分割公司已享有而尚未屆滿之5年免徵營利事業所得稅租稅獎勵時，被分割公司與分割後既存或新設公司應依據財政部91年5月20日台財稅字第0910451619號令修正發布之促進產業升級條例第8條之1免稅所得計算公式計算其免稅所得額；分割後既存或新設公司應依企業併購法第37條第1項但書規定，就屬被分割公司部分獨立設置帳簿，獨立計算屬被分割公司部分之銷貨額、銷貨成本及毛利，且應合理分攤營業費用及非營業損益，並以該帳簿為準，核實計算被分割公司原受獎勵且獨立生產之產品或提供之勞務部分之所得額或應納稅額。
（二）公司如係於年度中進行分割，被分割公司與分割後既存或新設公司依上開計算公式各自計算其免稅所得額時，應依該公式註6及註8規定，按免稅有效日數占全年日數比例計算及按其免稅期間銷貨量分別核算全年度銷貨量，並分別減除被分割公司基準年度之銷貨量後，再計算新增免稅所得額。
三、被分割公司帳列財務會計與所得稅法令間暫時性差異之隨同移轉：
（一）依經濟部92年2月11日經商字第09202018810號函規定，公司依企業併購法規定進行分割，應將獨立營運營業之資產及負債一併轉讓予既存或新設之他公司。依此，被分割公司帳列負債中未實現費用或損失部分屬於該分割部分者，應一併轉讓予分割後既存或新設公司承受。被分割公司以往年度辦理營利事業所得稅結算申報時，如已將前開未實現之費用或損失，依營利事業所得稅查核準則第63條第1項規定調整減列，則分割後既存或新設公司於將來支付義務或損失實際發生時，得依所得稅法及相關法令規定列報為費用或損失。
（二）被分割公司對於聯屬公司間之銷貨，依財務會計原則視為未實現銷貨部分，如於以往年度辦理營利事業所得稅結算申報時，已依法調整增加銷貨收入及銷貨成本，則分割後既存或新設公司受讓被分割公司帳列之未實現銷貨，於嗣後聯屬公司銷貨予非關係人而沖銷該未實現銷貨（財務會計轉列已實現銷貨）時，分割後既存或新設公司辦理沖銷年度之營利事業所得稅結算申報時，得調整減列相關銷貨收入及銷貨成本。
