目前台商到大陸投資的情形愈來愈普遍，但礙於法令規定，大多經由香港或第三地設立子公司轉投資大陸。國稅局特別提醒，不管直接或間接投資大陸或第三地，派駐海外子公司人員的人事費用，應歸屬於海外各子公司之費用，不可以列為台灣母公司的費用。南區國稅局最近查核94年度營利事業所得稅案件時，發現甲公司申報外派人員薪資及差旅費共計2000多萬元，經國稅局認定非屬甲公司之費用，予以剔除，補徵稅額500多萬元。
甲公司為拓展外銷業務，於香港設立子公司，專門經營中國大陸貿易商務，子公司業務人員均由甲公司派任且全年滯留境外時間均超過300天。經甲公司說明，派赴香港之出差人員，是為了提供國外客戶售後服務、專業技術指導，故必須派員常駐國外以應付客戶需求。可是經過國稅局查核結果，甲公司所稱國外客戶均非甲公司之客戶，實際上都是子公司在中國大陸之銷售對象，其將派赴海外人員之薪資及差旅費於甲公司報支，海外子公司卻未支付相對的技術服務收入，顯然與收入、成本費用配合原則不合，國稅局乃依照營利事業所得稅查核準則規定，經營本業及附屬業務以外之費用，不得列為費用，將甲公司申報的薪資及差旅費2000多萬元，予以剔除並補稅。
國稅局表示，甲公司投資海外子公司，所承擔之權利義務，應僅限於投資額，且其所投資之海外子公司，為獨立之法人主體，會計獨立，並非甲公司之分公司、分支機構、營業所或連絡處，有關派赴海外人員之薪資，仍應由甲公司投資之海外各子公司之人事費用支應，方符合收入與成本費用配合原則。
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