財政部臺北市國稅局表示，藥局如經稽徵機關核定使用統一發票者，銷售非處方箋之用藥，應開立統一發票報繳營業稅，以免構成違章遭受處罰。
該局指出，購買一般藥品，或依健保特約醫院及診所就醫之醫師處方箋向健保特約藥局購藥，雖然同樣是向藥局購藥，其營業稅之課稅情形卻不同。依照營業稅法及財政部釋令規定，健保特約藥局供應處方箋用藥，非屬營業稅課稅範圍，民眾持處方箋向藥局購藥，藥局毋須開立統一發票報繳營業稅。舉例說明，民眾向藥局購買藥品，如果該藥品是一般成藥或非持處方箋購買時，經稽徵機關核定使用統一發票的藥局必須開立統一發票報繳營業稅，否則經人檢舉或經稽徵機關查獲將遭受處罰，嚴重者甚至停止其營業。惟如由健保特約醫院及診所醫師開立處方箋，民眾再持憑自行前往健保特約藥局購藥者，藥局毋須開立統一發票報繳營業稅，僅須就向健保局請領之藥品調劑費及藥品費等收入，列入主持藥師、藥劑生之執行業務所得，依法課徵綜合所得稅。
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