據報載，針對公司股東因公司合併自消滅公司獲配之現金超過出資額部分須按股利所得課稅問題，財政部特別提出說明。
財政部表示，目前涉及外國人投資之企業併購案，依外國人投資條例相關規定，必須向經濟部投資審議委員會(簡稱投審會)申請核准，而投審會於相關案件審核中，已就賦稅業務部分洽詢該部賦稅署意見，因此有關外資透過臺灣捷普公司現金併購綠點公司及花旗(臺灣)商業銀行現金合併華僑商業銀行之併購案，該部賦稅署均就各該併購案涉及課稅之規定一一列示，且投審會回復核准函時亦一併告知公司，對於類此以現金為對價之企業合併案，應依該部93年9月21日台財稅字第09304538300號函釋規定辦理。
按上開函釋有關公司進行合併如何計算消滅公司股東之所得課稅之規定，與公司解散清算其股東獲配財產計算所得課稅之原則相同，亦即合併消滅公司股東所獲分配財產價值超過其對消滅公司出資額（包括公司帳載股本及資本公積之增資溢價、合併溢價）之差額部分，應視為股利所得（投資收益），依規定課徵所得稅。
財政部進一步指出，由於消滅公司之個人股東自市場買入該公司股票之成本，係屬其投資成本，尚非消滅公司帳載之出資額，該投資成本如大於出資額，其差額係股東因投資該消滅公司所發生之投資損失，依現行所得稅法規定，該投資損失尚不得自綜合所得總額中減除。為解決此問題，未來該部擬研議於所得稅法相關條文中增訂個人投資損失得自綜合所得總額中扣除之可行性。
