農業用地經法院拍賣後，當事人雙方無須向管轄稅捐處申報土地移轉現值，稅捐處逕行核課土地增值稅並依規定發函通知雙方，若該拍賣土地符盒農地不課徵土地增值稅之條件者，在收到稅捐處通知之次日起30日內，檢附鄉鎮市公所核發之「農業用地作農業使用證明書」向稅捐稽徵機關提出不課徵土地增值稅之申請，經審查後符合相關規定者，准其所請。惟拍賣當時地上若有違章建物，縱當事人於拍定後補辦相關手續，農業主管機關並憑以核發農業用地作農業使用證明書，該違章建物於拍定後補辦建照並核發使用執照後，仍不宜追溯認定該建物自始為合法，是仍無農地不課徵土地增值稅規定之適用。（財政部91/3/4台財稅字第0910450801號函）
