財政部表示，內政部推動實施「研發替代役制度」係為了達成「兵役公平性、待遇合理性、法源完整性」之目的，又在研發替代役制度下，用人單位(公司)依替代役實施條例第60條之1第1項規定，應向主管機關(內政部)繳納研究發展費。另依據替代役實施條例第5條之3規定，經甄選錄取服研發替代役之役男於接受軍事基礎訓練及專業訓練前，應與用人單位簽訂書面契約，同條例第18條之1第2項第4款復規定，用人單位如未依規定繳納研究發展費，主管機關得依職權轉調研發替代役男至其他用人單位，顯示該項費用係公司以替代役男從事研究發展工作之必要費用，且無取巧浮報金額之虞。
惟查現行「公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法」第2條第1項第1款至第8款所列舉得適用投資抵減之研究與發展支出項目中，並未包含此項費用，財政部爰依據同辦法第2條第1項第9款規定，會同經濟部專案認定，公司之研發替代役役男，經稅捐稽徵機關認定屬前述辦法第2條第1項第1款專門從事研究發展工作之全職人員者，其依法向主管機關(內政部)繳納之研究發展費，得全額認定屬適用促進產業升級條例第6條第2項規定投資抵減優惠之研究與發展支出。
