為配合地方制度法及臺南縣政府組織自治條例修正，本處機關名稱全銜自97年1月11日起正式更名為「臺南縣稅務局」。 機關名稱更名後內部組織原課室名稱亦一併調整為科，納稅服務課更名為納稅服務科，土地稅課更名為土地稅科，房屋稅課更名為房屋稅科，消費稅課更名為消費稅科，電子作業課更名為電子作業科，法務課更名為法務科，複核課更名為複核科，行政室更名為行政科，會計室更名為會計科，人事室更名為人事科，政風室更名為政風科，新化分處更名為新化分局，佳里分處更名為佳里分局；各科、分局之服務電話則均不變。 本局係縣內各機關及全省乙等稅捐處中第1個通過ISO 27001資訊安全認證並榮獲頒證的單位，歷年來各項稽徵業務考核亦均蟬聯第1，因此爾後機關名稱雖變，但為民服務的品質絕對不會變，全體同仁仍將繼續努力，本著『愛心、貼心、細心、用心、虛心、安心及同理心』等精神來為民眾服務，讓大家同享便民及稅收建設之成果。
