財政部於97年2月20日發布釋令，規定依企業併購法或金融機構合併法辦理合併而消滅之公司收回股東之股票辦理註銷並配發現金，於依該部93年9月21日台財稅字第09304538300號函規定計算個人股東之股利所得時，如該個人股東主張其經收回註銷股票之取得成本高於依該函規定計算之出資額，並依個別辨認法提示取得成本之證明文件者，得以獲配現金超過股票取得成本部分之金額為該個人股東之股利所得，並按前揭該部93年函計算股利所得所適用之稅額扣抵比率，重行計算可扣抵稅額；個人股東獲配現金未超過股票取得成本者，其股利所得則以0計算。
消滅公司之個人股東如已取得依前揭該部93年函規定計算股利所得之股利憑單，惟因該股利所得取得年度之綜合所得稅案件尚未核課確定或屬未屆法定應辦理所得稅結算申報期間而未辦理結算申報者，可向合併後存續或新設公司主張改按獲配現金超過被收回註銷股票取得成本部分之金額為其股利所得，由存續或新設公司據以向該管稽徵機關辦理憑單更正事宜。
財政部進一步說明，基於稽徵業務所需，消滅公司、存續或新設公司依個人股東主張辦理憑單申報及更正者，應保留相關證明文件影本，以供稽徵機關查核。該部已請各地區國稅局加強宣導並協助公司辦理憑單更正事宜。
財政部呼籲，96年度已合併完成並辦理股利憑單申報之公司，其個人股東如主張適用該部97年2月20日釋令規定者，為利辦理年度所得稅結算申報，應儘速提示股票取得成本等證明文件向存續或新設公司辦理股利憑單之更正。
