財政部日前提出「輕稅簡政」之所得稅制改革方案後，外界擔心「促進產業升級條例信賴保護期間抵稅權及獎勵支出保守估計要一千億元」，另認為取消保留盈餘加徵10％營所稅，罔顧「兩稅合一後，促產條例早該廢止，卻未能廢止」等。為使各界充分瞭解財政部研提之所得稅制改革方案，該部特再予說明。
促進產業升級條例將於98年底屆滿，提供財政部改革所得稅制之歷史契機。財政部表示，85年該部開始著手進行兩稅合一制度研究時，有關促進產業升級條例租稅優惠應否維持，攸關規劃方向及方案內容，幾經研究，最後認為促進產業升級條例為契約立法，且在設算扣抵法下，除與兩稅合一案有關而基於簡化稅務行政之考量者外，認為大體上並無改弦更張之必要，而僅對轉投資收益80％免稅、未分配盈餘限額及對未分配盈餘加徵10％營利事業所得稅等規定配合修正。
目前財政部研擬之稅制改革方案，係以取消促進產業升級條例之租稅優惠為前提，再將營利事業所得稅稅率調降為17.5％、個人綜合所得稅稅率調降為37.5％。因此，不論傳統產業或高科技產業，依財政部研擬之方案，其兩稅差距都維持在20％，相較兩稅合一實施當時，兩稅稅率差距高達35％至40％（享有租稅優惠之公司其實際營利事業所得稅稅率在0％至5％之間），已可有效改善公司藉保留盈餘規避個人股東綜合所得稅之情況。何況國內企業許多已為上市上櫃公司，其股利分配政策受廣大股東及股價之影響，不再僅僅考慮稅率差距多寡而已。
財政部強調，取消未分配盈餘加徵10％營利事業所得稅及調降營利事業所得稅稅率為17.5％，均係以促進產業升級條例租稅減免措施全面取消為前提，另外，在財政負擔範圍內，調降個人綜合所得稅稅率，適度縮小兩稅稅率之差異。至於調整薪資、殘障、教育學費特別扣除額及標準扣除額，則係基於照顧薪資所得者及大多數中低收入者之考量，整個稅制改革方案除估算取消促進產業升級條例租稅減免直接增加之稅收外，並考量該方案誘發經濟成長之效果及其對稅收之貢獻，經精確估算各稅稅收影響數後，稅收減少數僅約20億元。至於基於信賴保護使得促進產業升級條例租稅優惠無法在98年底一次完全落日，而仍有其適用，在此期間，尚有最低稅負之徵收。除此一不可量化之因素外，因租稅減免完全落日之簡政效果，將使國稅稽徵效率提升及企業納稅成本降低，整體國家資源使用效率改善，而且營利事業因促進產業升級條例即將落日而加速投資，營利事業所得稅稅率降低後吸引外資投資等因素，亦有促進經濟發展之效果，凡此皆可適當挹注財政收入。
