政府利用各項租稅獎勵措施，以鼓勵投資、健全經濟發展並促進產業升級，給予公司免徵營利事業所得稅就是其中有效的獎勵方式之一，不僅適用於有高門檻的新興重要策略性產業，也適用於一般製造業及其相關技術服務業，5年免徵營利事業所得稅的免稅所得究應如何計算？
財政部臺灣省南區國稅局表示，免稅所得額必須依照財政部所訂定的免稅所得計算要點的規定計算，該要點規定除公司之會計帳冊簿據完備，免稅產品銷貨收入、成本及毛利正確獨立計算，且合理分攤營業費用者，得依帳簿紀錄核實認定免稅所得額外，其餘公司則應依下列公式計算免稅所得額：
免稅所得額＝(全年所得額－免納或停徵所得稅之所得額－與免稅產品無關之非營業收益＋與免稅產品無關之非營業損失）x 免稅產品收入比率 x 機器設備技術比率 x (1-委外加工比率)
國稅局進一步指出，採用上述公式計算免徵營利事業所得稅所得額者，其非營業收入或非營業損失應按科目內容性質逐筆明確區分其與免稅產品有無關聯；其屬無關聯者，應自全年所得額中減除或加回。
該局於最近查核一家申請適用5年免徵營利事業所得稅之交通器材製造公司94年度營利事業所得稅結算申報案，發現該公司申報時，將兌換損失2億餘元列入免稅計算公式之非營業損失中，自全年所得額項下加回，經國稅局查核結果，因該兌換損失係該公司將免稅產品外銷所產生之兌換損失，其既與免稅產品有關，自不應列入非營業損失而自全年所得額中加回，經該局重新計算免稅所得，計調減免稅所得額2,000餘萬元。
國稅局最後提醒適用5年免徵營利事業所得稅之公司，要特別注意免稅所得計算要點的規定，以免因計算錯誤而被調整補稅。
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