財政部於今97年2月20日新發布台財稅字第09704510660號令規定，公司依企業併購法或金融機構合併法辦理合併而消滅，由消滅公司於解散時收回股東之股票辦理註銷並配發現金，該消滅公司依財政部93年9月21日台財稅字第09304538300號函規定計算個人股東之股利所得時，如該個人股東主張其經收回註銷股票之取得成本高於依該函規定計算之出資額，並依個別辨認法提示取得成本之證明文件者，得以獲配現金超過股票取得成本部分之金額為該個人股東之股利所得，並按財政部93年函計算股利所得所適用之稅額扣抵比率，重行計算可扣抵稅額；個人股東獲配現金未超過股票取得成本者，其股利所得以0計算。 但未能依個別辨認法提示取得成本者，或屬綜合所得稅已核課確定案件，則依財政部93年9月21日台財稅字第09304538300號函規定，合併消滅之公司所取得之全部合併對價超過其全體股東之出資額（包括股本及資本公積增資溢價、合併溢價），該超過部分並全數以現金實現，其股東所獲分配該超過部分之金額，應視為股利所得（投資收益），依規定課徵所得稅。 舉例言之，存續公司A公司與消滅公司B公司於96年度合併，B公司帳載股東每股平均出資額為30元，B公司於解散時收回股東股票辦理註銷並配發現金每股80元。若B公司股東某甲，係自公開市場以每股75元購入B公司股票，嗣後B公司收回股票並以每股80元發放現金收回股票時，依財政部93年解釋令，甲之股利所得應按每股50元（80-30=50）課稅，但若某甲能提示取得成本為75元之證明文件，因96年度綜合所得稅尚未屆申報期間，則甲得以75元為取得成本，依每股5元（80-75=5）計算B公司之股利所得，併課96年度綜合所得稅。 本局進一步表示，上述消滅公司之個人股東已取得依前揭財政部93年函規定計算股利所得之股利憑單，但因該股利所得取得年度之綜合所得稅案件尚未核課確定或屬未屆法定應辦理所得稅結算申報期間而尚未辦理結算申報者，可向合併後存續或新設公司主張依財政部97年2月20日發布之解釋令規定辦理，並由存續或新設公司向該管稽徵機關辦理股利憑單更正事宜。而公司已依上述規定辦理申報或更正個人股東股利憑單者，應保留股東取得成本之證明文件影本，以供稽徵機關查核。
