營業人銷售與自由貿易港區事業供營運之貨物，其營業稅依自由貿易港區設置管理條例第26條第1項規定適用零稅率者，應取得買受人簽署實際用途係供營運用及加蓋買受人統一發票專用章之海關核發視同出口證明文件或其所開立之統一發票扣抵聯，作為證明文件。
財政部說明，依自由貿易港區設置管理條例第26條第1項規定，課稅區或保稅區之營業人銷售至自由港區事業供營運之貨物，其營業稅稅率為零。另同條例第3條第2款規定，自由貿易港區事業係指經核准在自由港區內從事貿易、倉儲、物流、貨櫃(物) 之集散、轉口、轉運、承攬運送、報關服務、組裝、重整、包裝、修配、加工、製造、展覽或技術服務之事業。換言之，自由貿易港區事業並不以經營加工、製造業為限，貿易、倉儲、轉口、轉運等買賣業亦可進駐營運，該等進駐於自由港區之買賣業向課稅區或保稅區營業人購買並直接供銷售之貨物，是否認屬該條例第26條第1項所稱「供營運之貨物」，滋生疑義，行政院自由貿易港區協調委員會爰於97年3月3日發函解釋所稱「供營運之貨物」，係指課稅區或保稅區營業人銷售貨物與自由港區事業以供從事該條例第3條第2款業務。
財政部表示，該部前於95年4月4日以台財稅字第09504520500號函針對營業人依自由貿易港區設置管理條例第26條第1項規定適用零稅率者，應檢附之證明文件釋示為海關核發視同出口證明文件或其所開立之統一發票扣抵聯，且買受人應依實際購買用途簽署「本證明文件（或發票）所列貨物確係本事業購買供作機器設備(或原料、物料、燃料、半製品或貿易轉口、加工後再出口或倉儲業、物流中心轉運之貨物）使用無訛」字樣，茲為配合行政院自由貿易港區協調委員會前開解釋函，該部爰發布解釋令規定，營業人（賣方）依該條例第26條第1項規定適用零稅率者，應將海關核發視同出口證明文件或其所開立之統一發票扣抵聯，交由自由貿易港區事業（買方）依實際購買用途於空白處或背面簽署「本證明文件（或發票）所列貨物確係本事業購買符合自由貿易港區設置管理條例第26條第1項規定供營運之貨物無訛」字樣，並加蓋買受人統一發票專用章，作為適用零稅率之證明文件。
