本局表示，保稅工廠銷售勞務與其他免稅區事業並無零稅率之適用，應開立應稅統一發票，如開立零稅率統一發票，將被稽徵機關以將應稅銷售額申報為零稅率銷售額，致短繳營業稅額，補徵稅款並裁處罰鍰。 本局進一步說明，依據加值型及非加值型營業稅法第7條第4款規定，銷售與免稅出口區內之外銷事業、科學工業園區內之園區事業、海關管理保稅工廠或保稅倉庫之機器設備、原料、物料、燃料、半製品，營業稅稅率為零，其適用零稅率之項目並不包括銷售勞務；惟依據科學工業園區設置管理條例第20條第3項前段規定，園區事業以產品或勞務外銷者，其營業稅稅率為零，暨依同條例施行細則第17條第4項規定，本條例第20條第3項所稱園區事業以產品或勞務外銷者，包括園區事業與其他園區事業、國外客戶、國內加工出口區區內事業、農業科技園區園區事業、保稅工廠間之交易。因此財政部特以78年10月21日台財稅第780353546號函及83年2月2日台財稅第831582197號函釋規定，科學工業園區內之園區事業銷售勞務與區內之其他園區事業、免稅出口區內之外銷事業及海關管理之保稅工廠，暨免稅出口區內之外銷事業銷售勞務與區內之其他外銷事業、科學工業園區內之園區事業及海關管理之保稅工廠或保稅倉庫，准予適用零稅率。除此之外，保稅工廠及保稅倉庫銷售勞務與其他免稅區事業，則無零稅率之適用。 本局指出，近來本局查獲○○公司係保稅工廠，其銷售勞務與科學工業園區內之園區事業，申報適用零稅率，因該公司非屬上開財政部函釋所規定銷售勞務與其他免稅區得適用零稅率之科學工業園區內之園區事業或免稅出口區內之外銷事業，所以其銷售勞務與保稅區廠商，不得適用零稅率，因此遭本局補徵營業稅161萬餘元，另將依加值型及非加值型營業稅法第51條第7款規定核處罰鍰。 本局特別提醒海關管理之保稅工廠及保稅倉庫等營業人，銷售勞務與其他免稅區事業並無零稅率之適用，因此於申報零稅率銷售額前請務必瞭解相關稅法規定，莫因一時疏忽，而遭受處罰。
