公司可採用的節稅管道雖有多種，最常見的莫過於使用研發投資抵減或自動化設備投資抵減的租稅優惠，尤其稅法允許研發支出的最低抵減率是由30%起跳，也就是說公司每投入100元的 研發支出，即可獲得最少30元的抵稅優惠。因此，各家公司紛紛投入研發行列，除可促進產業升級，提高自身競爭力外，還可享有高度的節稅效果，南區國稅局在96年度就核准了327家公司適用研發投抵，核准抵稅金額更高達65億9千3百餘萬元。
公司可提出申請投抵的研發支出項目包含全職研發人員薪資、專供研發單位研究用之消耗性器材、原材料、樣品、全新儀器設備、建築物之折舊或租金等等，其中最容易讓人混淆的是儀器設備究應適用研發投抵（最低抵減率30﹪）或者是自動化設備投抵（抵減率7﹪）？南區國稅局表示，儀器設備應以其使用單位及用途來決定其適用投抵方式，因此，儀器設備如是專供研發單位研究用者，即應適用研發投抵方式，不過，要特別注意的是適用研發投抵的儀器設備，不得重複申請適用自動化設備投抵，因為可申請適用研發投抵的儀器設備，係指專供研究使用，且未轉(兼)供生產或其他非研究發展之用途使用者，而購置自動化設備適用投資抵減者，係指在生產產品或提供勞務過程中所需之設備，二者獎勵範圍不同，不能混淆，亦不能重複列報，該局最近就發現數家公司重複列報投抵的案例。
甲公司95年度營利事業所得稅結算申報案，申請適用投資抵減的自動化生產設備及研究發展用的儀器設備金額鉅大，且二者合計數遠大於其財產目錄所載機器設備及儀器設備95年度之增加數，引起南區國稅局的注意，經該局逐一查對主管機關核發之投資抵減證明及購置設備發票、訂購單，再與列報研究發展用的儀器設備清單勾稽結果，發現甲公司將申報於研究發展用之儀器設備近2000萬元，重複列報於自動化生產設備投資抵減，因該等儀器設備確供甲公司研發單位使用，乃剔除自動化設備投資抵減稅額140萬元。
該局邱政茂局長特別提醒，研究發展投資抵減，只限於專供研發單位使用之全新儀器設備才享有租稅優惠，與投資自動化設備適用投資抵減，需購置供生產用之機器設備不同，千萬不要心存僥倖，重複列報，或將抵減率較低之自動化設備，申報為抵減率較高之研發設備，以免被稽徵機關查獲補稅，滋生困擾。
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