財政部高雄市國稅局表示，96年度所得稅申報期間將屆，業者如未依法設帳記載並保存憑證，或未能提供證明所得額之帳簿文據者，應依財政部頒定之收入及費用標準，醫療院所並參酌全民健康保險收入必要費用計算方式，核算其當年度之執行業務所得，俾辦理綜合所得稅結算申報。 國稅局進一步指出，96年度醫療院所收入及費用標準，財政部已於97年3月7日以台財稅字第09704514510號及09704514520號令發布，中醫師、西醫師、醫事檢驗師及物理治療師等業者，如未依前揭方式保存帳簿文據者，其全民健康保險收入、掛號費收入及非屬全民健康保險收入之必要費用，應依該標準辦理。 另醫療院所追扣或補付以前年度之醫療款，該追扣、補付款金額，依各該年度財政部頒定標準，96年度全民健康保險收入，其所得額計算方式應為『健保收入(扣繳憑單金額＋部分負擔金額)－【（核定點數(含部分負擔)×0.78）－（94年度或以前年度追扣款×78﹪）＋（94年度或以前年度補付款×78﹪）－（95年度追扣款÷95年度平均點值×0.78）＋（95年度補付款÷95年度平均點值×0.78）】』。 該局又表示，由於96年度醫療院所依財政部頒定之收入及費用標準計算必要費用方式較為複雜，有關健保收入部分於申報時，請參考中央健康保險局所提供「全民健康保險特約醫事服務機構申請醫療費用分列項目參考表」資料,審慎計算其當年度之執行業務所得，以確保自身權益。
