九十六年度綜合所得稅結算申報將自五月一日起展開，財政部臺灣省南區國稅局指出，常有納稅義務人主張因未收到扣免繳憑單，而不知道要辦理綜合所得稅結算申報，實非故意逃漏稅，請免予處罰。但是，依所得稅法規定，除免稅項目外，有所得就應辦理結算申報，並不以有無收到扣免繳憑單為應否申報之依據。因此，該局特別提醒納稅義務人，申報前可以自然人憑證或其他經財政部同意之電子憑證或向國稅局申請查詢扣免繳憑單所得資料。另該局整理出多項較常發現之違章案件類型，提醒納稅義務人注意，以免因一時疏忽而被補稅及處罰：
一、委託他人代辦結算申報，而發生短漏報所得：納稅義務人委託他人代辦結算申報，其效力是及於本人。所以，納稅義務人如委託他人申報或由他人代填寫申報書，應詳細審閱申報書內容有無填寫錯誤。如有發生短漏報所得等違章情形，本人仍應受罰。
二、父母無所得，但未成年子女之所得已超過當年度規定之免稅額、標準扣除額之合計數，卻未以父母為納稅義務人辦理綜合所得稅結算申報。
三、沒有申報受扶養親屬之所得：常發現納稅義務人只申報扶養親屬「免稅額」，但忘了扶養親屬有所得也要合併申報。尤其，受扶養子女打工所得或直系尊親屬之利息、營利所得，較常被忽略而漏報。
四、申報所得額按扣繳憑單「所得淨額」填報，造成短報所得情形。
五、虛報已死亡親屬之免稅額：95年12月31日以前死亡之親屬，不能再申報減除扶養親屬免稅額，透過戶政資料勾稽，此類違章案件，很容易被查獲而遭受處罰。
六、夫妻分開辦理結算申報：依稅法規定，個人只有在年度中結婚或離婚，而其配偶於該年度中有所得，才可自行選擇與其配偶分別或合併辦理結算申報。夫妻如確因分居事實無法合併申報，雙方仍應分別於結算申報書內載明配偶姓名、身分證統一編號，並註明已分居事實，才可免受處罰。
七、漏報軍、公、教、退休（伍）金優惠存款之利息所得：軍、公、教、退休（伍）金優惠存款之利息所得可適用「儲蓄投資特別扣除」規定，納稅義務人常誤以為免稅，而漏未申報。
八、購買不實捐贈收據，列舉大額捐贈：部分證券公司營業員、保險從業人員或醫師等高所得者，以低價購買高額來路不明或偽造不實之慈善機構捐款收據，列舉申報扣除大額捐贈。
九、個人買賣或出租房屋，因故取消契約所收取之違約賠償金或沒收之押金，屬其他所得，卻未併入綜合所得總額申報課稅。
十、獨資資本主或合夥組織合夥人漏報各該事業之營利所得或分配盈餘。
十一、執行業務者未填報執行業務收入總額、必要費用及所得額，經依照財政部發布收入及費用標準核定有執行業務所得。
十二、納稅義務人未填報本人或配偶經營補習班或不符合所得稅法第4條第13款規定之幼稚園、托兒所之所得，經稽徵機關依查得資料核定有所得。
十三、佃農因地主收回出租耕地或政府徵收土地終止租約而收取概括性補償費，屬佃農之其他所得，而未以半數作為當年度所得申報納稅。
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