財政部表示，私立醫療機構改設為醫療法人，依醫療法第38條第3項規定，將其原供醫療使用之土地、房屋無償移轉予該醫療社團法人時，所書立持憑向地政機關申請物權登記之土地、建物之無償移轉同意書，應否依印花稅法第5條第5款及同法第13條第3項規定繳納印花稅乙節，因各地方稽徵機關認定不一，造成部分私立醫療機構改設為醫療法人移轉不動產繳納印花稅，部分則未繳納之情形。
財政部說明，行政院衛生署於96年2月7日召開「私立醫療機構改設醫療法人土地登記協商會議」，明定應檢附土地建物無償移轉同意書即可，毋須訂定移轉契約，惟該土地建物無償移轉同意書經納稅義務人持憑向主管機關辦理物權登記，究竟是否屬代替讓受不動產契據使用，而應依印花稅法第5條第5款及同法第13條第3項規定課徵印花稅？仍有疑義，且全國類此案件陸續發生，又各地方稽徵機關對此看法分歧，財政部爰加以研析。基於是類改制醫療法人之私立醫療機構，係為配合醫療法健全醫療體系之目的而改以醫療法人型態設立，其將原所有之不動產書立無償移轉同意書移轉予醫療法人，名義上所有權雖移轉予醫療法人，惟原所有人仍為出資人，故無實質之移轉；且行政院衛生署建議內政部，針對私立醫療機構改設醫療法人符合醫療法第38條第3項規定「無償移轉」之土地，辦理土地登記事宜時，增訂登記原因為「改設醫療法人」乙項，業經內政部採納，故是類案件向地政機關申請不動產移轉登記之原因為「改設醫療法人」，尚非屬典賣、贈與、交換、分割等性質。揆諸醫療法之修法目的及憑證性質，財政部爰核釋，該無償移轉同意書非屬印花稅法第5條第5款中所規範之課稅憑證，無須繳納印花稅。
