財政部臺北市國稅局表示，財政部推動網路申報服務，首重安全控管，以保護納稅義務人所得及申報資料安全，網路申報之課稅資料均經過電子簽章及加密的安全維護，報稅網站亦具備防火牆及駭客掃瞄偵測設備，可防止駭客惡意入侵，另報稅網站（http://tax.nat.gov.tw）全國僅建置1個，以避免駭客魚目混珠建置虛偽報稅網站，且在所得稅申報期間，委請「行政院國家資通安全會報（NICI）技術服務中心」協助掃瞄駭客入侵及取締虛偽報稅網站，因此課稅及申報資料之安全性應無庸置疑。
該局指出，關於某日報報導網路報稅資料流失，500萬個資恐不保之消息，經財政部了解並非網路申報安全發生問題，而是納稅義人個人將報稅資料長期存放於電腦，經網路分享或被網路入侵到個人電腦所取得。
該局說明，基於資訊安全考量，納稅義務人於網路申報上傳成功後，請勿將「網路申報檔」長時間置於可連絡網際網路的電腦硬碟內(如C磁碟、D磁碟)，於上傳成功後即刻移除，另外儲存於磁片、光碟片或隨身碟保存，以免申報資料被「木馬程式」盜取。
該局進一步表示，納稅義務人運用96年度綜合所得稅電子結算申報繳稅系統完成報稅後，系統會自動儲存納稅義務人之網路申報檔資料，請一併刪除，刪除路徑如下：
1.點選：開始/執行，輸入Regedit按『確定』，並依序點選： HKEY_CURRENT_USER/Software/eTax/Irc/96，選擇檔名為身分證統一編號之檔案，予以刪除。
2.依序點選：我的電腦/C磁碟/Program Files/eTax/IRX/PrnData，選擇檔名為身分證統一編號之檔案，予以刪除。
(聯絡人：資料科陳股長；電話23113711分機2103)
