公司行號年度營運結果呈現虧損時，虧損金額原則上不能在以後有盈餘的年度列入扣除，亦即不能盈虧互抵，不過，公司所得稅結算申報如果是採用藍色申報書或委託會計師查核簽證申報者，才有適用盈虧互抵之機會。
南區國稅局表示，營利事業如欲適用盈虧互抵，必須同時符合下列5項條件：1.屬公司組織之營利事業2.會計帳冊簿據完備3.虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證4.如期辦理結算申報5.經國稅局核定之前5年內各期虧損。
該局進一步指出，公司所得稅結算申報如有短漏報所得情節重大者，將會被認定其會計帳冊簿據不完備，而被取消盈虧互抵的資格；所謂「短漏報情節重大」之認定，依財政部發布的解釋，是以漏稅額是否超過10萬元及漏報所得比例是否超過5%為判斷標準，亦即公司經查獲短漏所得稅稅額不超過10萬元或短漏報課稅所得額占全年所得額之比例不超過5%，且非以詐術或其他不正當方法逃漏稅捐者，得視為短漏報情節輕微，免按會計帳冊簿據不完備認定，仍准予適用前5年虧損扣除規定；反之，公司短漏報所得情事逾越前述金額及比例，即非屬短漏報情節輕微，將不得適用盈虧互抵之規定。
某公司95年度營利事業所得稅結算申報，列報全年所得額250餘萬元，扣除前5年經核定之虧損250餘萬元後，課稅所得額及應納稅額均為0元；經國稅局查核後，發現該公司漏報其他收入50餘萬元，除核定其全年所得額300餘萬元外，並因其漏稅額超過10萬元且漏報所得比例超過5%，屬漏報所得情節重大，依規定不得扣除前5年核定虧損，故核定課稅所得額300餘萬元，應納稅額75萬餘元，漏報收入部分還另處罰鍰12萬餘元。
該局特別呼籲，公司組織之營利事業，應誠實謹慎申報營利事業所得，以免遭補稅及處罰外，還可能喪失適用盈虧互抵之權利。
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