自97年6月1日起，營業人銷售與自由貿易港區事業供營運之貨物，如經通關程序且出口報單類別為F4、D5、B9及統計方式為97、1A、9U者，其營業稅得免檢附證明文件申報適用零稅率。
財政部說明，依自由貿易港區設置管理條例第26條第1項規定，課稅區或保稅區之營業人銷售至自由港區事業供營運之貨物，其營業稅稅率為零。該部於97年3月19日發布台財稅字第09704518580號令釋規定，營業人（賣方）銷售與自由貿易港區事業供營運之貨物，其營業稅依上開條文規定申報適用零稅率者，應將海關核發視同出口證明文件或其所開立之統一發票扣抵聯，交由自由貿易港區事業（買方）依實際購買用途於空白處或背面簽署「本證明文件（或發票）所列貨物確係本事業購買符合自由貿易港區設置管理條例第26條第1項規定供營運之貨物無訛」字樣，並加蓋買受人統一發票專用章，作為適用零稅率之證明文件。
財政部表示，為簡政便民，營業人銷售與自由貿易港區事業供營運之貨物，如係經通關程序且出口報單類別為F4、D5、B9及統計方式為97、1A、9U者，將自97年6月分起納入海關出口報單檔與稽徵機關經海關出口之零稅率銷售額之總額交查範圍，與現行加值型及非加值型營業稅法施行細則第11條第1款外銷貨物報經海關出口之作業方式相同，凡符合上開通關方式且於97年6月1日以後報關者，均免檢附證明文件申報適用零稅率。惟營業人應於營業人申報適用零稅率銷售額清單「外銷方式」欄填寫代號「4」(與適用加值型及非加值型營業稅法第7條第4款者類同)，並於營業人銷售額與稅額申報書「零稅率銷售額」欄之「經海關出口免附證明文件者」填報銷售額，以避免嗣後發生交查異常而接獲稽徵機關通知更正申報之情況。
該部進一步說明，營業人銷售與自由貿易港區事業供營運之貨物，如未符合上開通關方式僅逕憑載貨單或統一發票運入自由貿易港區事業者，仍應依該部97年3月19日台財稅字第09704518580號令釋規定，檢附經自由貿易港區事業簽署之出口證明文件或統一發票扣抵聯申報適用零稅率。
