近來有納稅義務人向花蓮縣稅捐稽徵處反應，為何認定為違章建築者又要課徵房屋稅？花蓮縣稅捐稽徵處表示依房屋稅條例第3條規定，房屋以附著於土地之各種房屋及有關增加該房屋使用價值之建築物為課徵對象，對於違章建築房屋自不例外。房屋所有人於建造房屋前，依建築法規定於建造前應向該管建築管理機關申請建築許可，非經申請直轄市、縣（市）（局）主管建築機關之審查許可並發給執照，依建築法第25條規定不得擅自建造，不依上項規定許可建造者，即為俗稱之違章建築房屋。
該處表示，房屋稅的課徵，為請領使用執照者，當然為房屋稅課徵對象，而已請領建築許可，但因故未申領使用執照之程序違章或未請建築許可之實質違章房屋，不因其為違建而不予課稅。即依法納稅為人民應盡的義務。課稅公平亦為稽徵工作的基本原則，對違建房屋若不設籍課稅，不僅增加稅籍管理及計徵遺產稅之困難，而且對合法房屋而言，有失公平，或發生相反效果，助長違建之風。為求課稅公平及健全稅籍，在其未拆除前仍應依使用情形課徵房屋稅。另房屋稅之完納，僅表示納稅義務之履行，不能據以使無照建築房屋變成合法。
