財政部臺灣省北區國稅局表示，保稅工廠辦理保稅物品盤存，實際盤存數量少於帳面結存數量，逾盤差容許率者，海關於補徵進口稅捐時，將一併補徵營業稅，且該項補徵之營業稅額及經查獲違章補徵案件，營業人不得列入扣抵銷項稅額。
該局進一步說明， 依加值型及非加值型營業稅法第41條規定，貨物進口時，應徵之營業稅，由海關代徵之。又保稅工廠之設立、盤存等，依據關稅法第59條及海關管理保稅工廠辦法第20條第1項及第2項規定，均由海關管理。依海關管理保稅工廠辦法第21條第1項第1款規定，保稅工廠辦理盤存之保稅物品，實際盤存數量少於帳面結存數量，逾盤差容許率者，應於接獲海關核發之補稅通知之翌日起10日內繕具報單補繳進口稅捐。另依財政部89年2月29日台財稅第880450944號函及97年3月26日台財稅字第09700156820號函釋規定，上揭補徵及經查獲違章補徵案件之營業稅額，營業人不得列入扣抵銷項稅額。
該局表示其已向各地關稅局蒐集上開案件資料，近期內將進行查核， 因此呼籲營業人，自行檢視有無因一時疏忽而發生前項違反稅法規定之情事，並在經人檢舉或國稅局發函調查前，向該局所屬之分局、稽徵所或服務處辦理補報補繳，即可依稅捐稽徵法第48條之1規定免予處罰；若經查獲，將依加值型及非加值型營業稅法第51條規定補稅並處罰。
