財政部前於93年4月30日以台財稅字第0930451437號令發布有關「公司發行認股權憑證予本公司員工之費用可核實認定」之函釋，現因公司發行員工認股權憑證之會計處理，自97年1月1日起，應依財團法人中華民國會計研究發展基金會發布財務會計準則第39號公報「股份基礎給付之會計處理準則」規定辦理，爰就公司發行員工認股權憑證費用化之課稅規定補充核釋，以利適用。本次函釋重點如下：
一、公司依證券交易法及公司法規定發行員工認股權憑證予本公司員工，且以發行新股履約者，自97年1月1日起，依財團法人中華民國會計研究發展基金會發布財務會計準則公報第39號「股份基礎給付之會計處理準則」及行政院金融監督管理委員會96年12月12日金管證六字第0960065898號令規定，以公平價值或內含價值計算及於各年度認列之酬勞成本，於申報營利事業所得稅時，可依營利事業所得稅查核準則第71條規定核實認定為公司各年度之薪資支出。其以內含價值計算者，嗣後內含價值如有變動，其變動數應列入變動年度損益計算。
二、員工因未符合認股權計畫所規定應服務之年數或條件，致公司沒收其所授與之認股權憑證，或員工既得認股權憑證因過期失效時，公司應將以前年度已認列之薪資費用，列為沒收年度或失效年度之損益課稅。
三、公司發行之員工認股權憑證，其發放對象為國內外子公司員工者，其費用非屬公司經營本業及附屬業務之損失，依據所得稅法第38條規定，不得列為費用或損失。
財政部表示，另有關公司發行員工認股權憑證而以買回之庫藏股履約之課稅規定，將於近日併財團法人中華民國會計研究發展基金會第266號有關「企業以庫藏股票轉讓與員工之會計處理疑義」之函釋另案發布解釋。
