為吸引廠商進駐工業區投資設廠，經濟部自91年5月1日起推出「工業區土地租金優惠調整措施」，也就是俗稱「006688方案」，廠商承租工業區土地，前2年免租金，第3、4年按審定租金打6折，第5、6年則打8折，第7年起恢復原租金，租期最長為20年；另外，廠商如於承租期間內申請購買租賃之土地時，還可享受之前已付租金可抵充購地價款的優惠。
經濟部這項優惠措施，卻意外衍生了稅務上的一些問題，例如廠商在承租期間支付之租金是否可列為當期租金費用？另若於承租期間內決定由租賃轉為承購時，土地之成本又應如何計算呢？
財政部今年5月初，針對上述問題發布了解釋，明確指出營利事業依「006688方案」承租工業區土地所支付之租金，可列為承租期間之租金費用。營利事業如於承租期間申請承購租賃之土地，並以承租期間已付租金全額，或在規定限額內抵充應繳土地價款之金額，應列為承購年度的其他收入，核計營利事業所得額。至於承購土地之成本，應按原核准承租並簽訂租賃契約時之售價為基準審定之總價款，為實際取得成本。
南區國稅局特別舉例說明如下：
（一） 甲公司為擴廠需要，在91年底看上了南部某工業區的一塊土地，經詢價結果，如採用購買方式，總價款為8,000萬元，因甲公司一時無法籌措這筆為數不小的資金，後來在92年初決定採用「006688方案」先行租用該筆土地，因此，該公司在92及93年度免納租金，94及95年度每年按審定租金（每年500萬元）6折支付300萬元租金，96年則按8折支付400萬元租金，該公司因經營有成，因此在97年初決定買下該筆土地，總價款為8,000萬元，將其94年度至96年度已付租金共1,000萬元抵充後，甲公司應付土地價款為7,000萬元。
（二） 依上述財政部函釋內容，甲公司94年度至96年度可列報租金費用分別為300萬元、300萬元及400萬元，97年度除應列報其他收入1,000萬元外，並應以8,000萬元為該筆土地的取得成本。
該局最後提醒適用「006688方案」的營利事業要特別注意這項新規定，以免申報錯誤而被補稅，若涉及漏報所得情形，還要受罰。
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