南區國稅局表示，司法院大法官會議於97年5月9日作成釋字第642號解釋，認定財政部84年7月26日台財稅第841637712號函釋，有關營利事業須於未經檢舉調查前，取得與原應保存憑證相當之證明者，始得免予處罰之規定，不符稅捐稽徵法之立法目的，應自即日起不再援用。財政部亦依大法官解釋意旨於97年5月30日發布新解釋令，明定營利事業依法應保存憑證而未保存，如確已給與或取得憑證且帳簿記載明確，不涉及逃漏稅捐，而於稅捐稽徵機關所進行之裁處或行政救濟程序終結前，提出原始憑證或取得與原應保存憑證相當之證明者，尚不在稅捐稽徵法第44條處罰範圍，而上開財政部84年函釋，亦明定自釋字第642號解釋發布之日起，不再適用。
國稅局進一步指出，憑證係記帳之依據，為使營利事業據實給與、取得及保存憑證，俾交易前後手稽徵資料臻於翔實，建立正確課稅憑證制度，稅捐稽徵法第44條乃就營利事業違反應保存憑證之行為處以罰鍰；惟營利事業確已給與或取得憑證且帳簿記載明確，而於稅捐稽徵機關所進行之裁處或行政救濟程序終結前，提出原始憑證或取得與原應保存憑證相當之證明者，應足以認定其未違背保存憑證之義務，自不在該條規定處罰之列。至解釋令所稱與原應保存憑證相當之證明，乃指依營利事業所得稅查核準則第14條但書規定，取得買受人簽章證明與其所持有之憑證相符之影本，或經原出具憑證之營利事業簽章證明與其自留之存根聯相符之影本，或保留自行蓋章證明之扣抵聯影本及統一發票經核定添印副聯，其副聯已送稅捐稽徵機關備查，並經取具該稅捐稽徵機關之證明而言。
該局特別呼籲營利事業應注意相關規定，如有未依法保存憑證之情事，應於稅捐稽徵機關進行裁處或行政救濟程序終結前，提出原始憑證或取得與原始應保存憑證相當之證明供核，以免受罰。
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