財政部表示，銀行業對於逾期放款案件，如與債務人進行債務協商而同意減免其利息負擔，且該減免之利息收入已報繳營業稅者，得於同意減免之當年申報最後一期銷售額及營業稅額時，檢附證明文件，彙總全年度所減免之利息收入，核實申報扣減銷售額及營業稅額。
據財政部說明，中華民國銀行商業同業公會全國聯合會向該部反映，按「銀行資產評估損失準備提列及逾期放款催收款呆帳處理辦法」第10條規定，逾期放款經轉入催收款者，應停止計息，但仍應依契約規定繼續催理，並在催收款各分戶帳內利息欄註明應計利息，或作備忘紀錄；逾期放款未轉入催收款前應計之應收利息，仍未收清者，應連同本金一併轉入催收款。而銀行業為減輕客戶負擔，會與逾期放款客戶進行債務協商作業，其中屬於轉入催收款之未實現利息收入部分，銀行業者倘採用應計基礎認列利息收入者，已依法報繳營業稅。因此，銀行業者認為因協商作業而減免債務人之利息負擔部分，應可核實扣減銷售額及營業稅額。
案經該部研議，有鑒於該部曾以86年8月27日台財稅第861913147號函及同年12月18日台財稅第861929248號函分別釋示，電信業及台灣電力公司依加值型及非加值型營業稅法營業人開立銷售憑證時限表規定，其開立憑證時限以收款時為限，如電信業及台灣電力公司於尚未收款前，先憑帳單金額報繳營業稅，嗣後用戶不付費時，該未收回之電信費及電費部分，得檢附證明憑以核實認定扣減當期銷售額及銷項稅額。本案銀行業之利息收入屬勞務收入，係以收款時為其開立銷售憑證之時限，其開立銷售憑證時限與前開86年2則函釋相同，均以收款時為限，故如於收款前先認列銷售額並報繳營業稅，嗣無法收回者，宜予相同之處理，該部爰同意銀行業者因協商作業而減免債務人之利息負擔，該減免之利息收入如已報繳營業稅者，准予核實申報扣減其銷售額及營業稅額。
又據財政部說明，該部考量銀行業減免之利息收入，可能包含當年度尚未報繳營業稅之利息收入（例如平時採現金基礎報繳營業稅之銀行業，97年3月之未實現利息收入並未於當期報繳營業稅，而係俟97年12月才依權責發生制認列為利息收入），因此，該部乃規定銀行業者得於確定減免利息收入之當年度最後一期，檢具相關證明，彙總全年度所減免之利息收入，核實申報扣減其銷售額及營業稅額。同時，基於稽徵機關查核需要，該部亦明定銀行業者應將減免利息之債務人名冊及相關證明文件裝冊保管，至於以電子計算機處理帳務者，則得以資料儲存媒體代替。
此外，財政部強調，因為銀行業之利息收入係按加值型及非加值型營業稅法第21條規定，就其銷售額按同法第11條規定之稅率計算報繳營業稅，尚非屬課徵加值型營業稅，故准予核實申報扣減銷售額及營業稅額後尚不發生須追補買受人已扣抵進項稅額之問題。
