南區國稅局表示：依所得稅法第24條第1項後段規定，所得額之計算，涉有應稅所得及免稅所得者，其相關之成本、費用或損失，除可直接合理明確歸屬者，得個別歸屬認列外，應作合理之分攤。
國稅局舉例說明，甲公司92年度營利事業所得稅經國稅局核定營業費用及損失總額2,011,699元，及利息支出949,744元，因其全年出售證券收入16,103,540元，投資收益994,639元，租賃收入392,857元，係屬專業投資公司，乃計算有價證券出售收入16,103,540元應分攤之營業費用及利息支出2,726,523元〔（營業費用2,011,699元＋利息支出949,744元）×出售證券收入16,103,540元／（出售證券收入16,103,540元＋投資收益淨額994,639元＋租賃收入392,857元）〕，投資收益994,639元應分攤之營業費用及利息支出168,404元，租賃收入392,857元應分攤之營業費用及利息支出66,516元，加計利息收入後核定課稅所得額833,483元予以補稅。甲公司主張基於理財目的，其以自有資金或向銀行借款金額全數貸予同業乙公司，有帳載同業往來53,000,000元可證，系爭利息支出屬合理且可明確歸屬，不應按比例分攤歸屬為免稅所得之費用等由。案經復查、訴願均遭駁回，提起行政訴訟，經高雄高等行政法院判決甲公司敗訴，並經最高行政法院裁定確定。
法院判決理由略以，甲公司就其主張之事實，雖提示92年度關係企業往來及利息支出總分類帳、匯予乙公司之匯款申請書及中國信託商業銀行繳息收據等影本，惟前揭帳證並無甲公司與中國信託商業銀行簽訂之借款合約及借入款資金流程，以及貸予乙公司之借款合約書及貸出款資金流程，且貸款年度91年度起至92年度借入款與借出款二者之金額、日期均有不同，無法勾稽；又甲公司銀行存款資金運用非單純借入後如數貸出，而有「長期投資」、「定期解約匯入」及其他支出等項目，顯見原告借入款與自有資金已相互流用混淆，甲公司未能證明其92年度利息支出可個別歸屬認列，從而國稅局核定甲公司應依規定按比例計算有價證券出售部分應分攤之營業費用及利息支出，自有價證券出售收入項下減除，於法並無不合，乃判決甲公司敗訴。
國稅局呼籲營利事業計算應稅所得及免稅所得，應將相關之成本、費用或損失作合理之分攤歸屬，以免被國稅局調整補稅。
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