本局表示，自97年度起，公司依替代役實施條例第60條之1第1項規定向主管機關（內政部）繳納之研究發展費，經稅捐稽徵機關認定該研發替代役役男屬「公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法」第2條第1項第1款專門從事研究發展工作之全職人員者，依據同辦法第2條第1項第9款規定及經濟部96年12月26日經工字第09600179970號函，得全額專案認定屬研究與發展之支出。 為有效運用役男研發專長人力資源，提昇產業研發能力及競爭力，行政院「現行兵役制度檢討改進方案」中決議研修「替代役實施條例」，建立研發替代役制度，取代原來之國防工業訓儲制度。經內政部擬具「替代役實施條例」修正草案，並於96年1月5日經立法院三讀通過，96年1月24日總統公布施行，研發替代役自97年度起開始實施。在該制度下，公司依替代役實施條例第60條之1第1項規定，應向主管機關繳納研究發展費，並依同條例第5條之3規定於經甄選錄取服研發替代役之役男接受軍事基礎訓練及專業訓練前與其簽訂書面契約，公司如未依規定繳納研究發展費，主管機關得依職權轉調研發替代役男至其他用人單位，顯示該項費用係公司以替代役男從事研究發展工作之必要費用。經財政部會同經濟部專案認定，公司之研發替代役役男經稅捐稽徵機關認定屬「公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法」第2條第1項第1款專門從事研究發展工作之全職人員者，其依法向主管機關繳納之研究發展費得全額認定屬適用促進產業升級條例第6條第2項規定投資抵減優惠之研究與發展支出。 本局進一步指出，納稅義務人如有前述支付予主管機關研究發展費者，仍應依「公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法」第8條規定，於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時依規定格式填報，並檢附有關證明文件送請公司所在地稅捐稽徵機關核定。如果有任何研究與發展投資抵減方面的問題，可利用本局免費服務電話0800-000321洽詢，或至本局網站（網址為http://www.ntx.gov.tw）查詢相關法令，服務人員將全力提供協助。
