財政部臺北市國稅局表示，公司列報適用投資抵減之研究與發展及人才培訓支出，如超過連續前2課稅年度之同項支出平均數者，則可適用較優惠之抵減比率。
該局說明，公司如有合於公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法規定之支出，在同一課稅年度內得按30%抵減當年度應納營利事業所得稅額。研究與發展支出總金額超過前2年度研發經費平均數者，超過部分得按50%抵減當年度應納營利事業所得稅額；人才培訓支出總金額超過前2年度人才培訓經費平均數者，超過部分亦得按50﹪抵減當年度應納營利事業所得稅額。所謂前2年度研發經費平均數及人才培訓經費平均數，指公司申報抵減年度前連續2課稅年度，經稅捐稽徵機關核定之平均數。且所稱之「2課稅年度」，係指含括24個月之完整2課稅年度。其未達24個月者，該研究與發展或人才培訓之支出，應無超過部分得按50%抵減之適用。
該局查核A公司營利事業所得稅結算申報案，該公司於93年7月設立，自設立日起至95年度皆申報研究與發展支出之投資抵減，且95年度之研究與發展支出大於93及94年度經稽徵機關核定之平均數，A公司辦理95年度所得稅結算申報時，將95年度研究與發展支出超過93及94年度研發經費平均數部分，按50%計算抵減當年度應納稅額，因93及94年度合計未達24個月，與前揭辦法規定不符以30%重新計算抵減稅額並補徵稅款。
該局呼籲，公司申請適用租稅獎勵辦法時，應注意相關計算之規定，以免遭國稅局重核計算補稅。
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