財政部臺灣省南區國稅局表示，轄內某醫院扣繳義務人A君於給付薪資所得時，已扣取稅款而未依規定期限向公庫繳清，經該局查獲，乃依所得稅法第114條第3款規定，按每逾2日加徵1﹪滯納金，並責令A君補繳。
A君不服，主張其係於遭檢舉及被調查前自動補扣並繳納稅款，應適用稅捐稽徵法第48條之1規定，僅須加計利息為由，資為爭議。案經復查、訴願均遭駁回。
財政部訴願決定略以，所得稅法第114條第3款規定，扣繳義務人逾期繳納所扣稅款者，應加徵滯納金，乃對扣繳義務人未於法定期限內履行報繳稅款義務之處分，此與逃漏稅捐之漏稅罰乃屬二事，自無稅捐稽徵法第48條之1規定之適用，是本件扣繳義務人A君於給付薪資所得時，既已依規定扣取稅款，但逾規定期限始向公庫繳納稅款，國稅局依所得稅法第114條第3款規定予以加徵滯納金，經核洵無不合。
該局呼籲，扣繳義務人已扣繳稅款但逾期繳納之案件，尚無稅捐稽徵法第48條之1規定之適用，請扣繳義務人於給付各類所得時，除依規定扣取稅款外，並應依規定期限向公庫繳納稅款，以免因逾期繳納被加徵滯納金。
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