南區國稅局表示，依促進產業升級條例第9條之1第2項規定屬科學工業公司輸入之機器、設備於輸入後5年內，因轉讓或變更用途，致與減免之條件或用途不符者，應予補徵進口稅捐及營業稅，如該等營業人如未依規定於限期內向海關補繳進口稅捐及營業稅經查獲者，應由海關依法補徵其營業稅，至其補徵之營業稅，依法不得扣抵銷項稅額。
該局指出，依財政部97年3月26日台財稅字第09700156820號函規定，營業人經查獲而由海關依促進產業升級條例第9條之1第2項前段規定補徵之營業稅，不得扣抵銷項稅額。另營業人進口貨物，經查獲短漏報進口貨物價值並觸犯加值型及非加值型營業稅法第51條規定者，如經認屬違章案件，則海關對其補徵所繳納之營業稅款，亦不得提出申報扣抵銷項稅額。
南區國稅局呼籲，營業人應自行檢視有無違反上述不得扣抵之規定，在未經檢舉及未經稽徵機關或財政部指定之調查人員調查前，依稅稽徵法第48條之1規定自動補報補繳，加計利息可免予處罰。
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