適用5年免稅優惠的公司要特別注意了！因為促進產業升級條例訂定各項租稅減免優惠的目的是在促進產業升級及健全經濟發展，5年免稅的優惠亦不例外！所以，適用5年免稅公司的免稅產品必須是自行產製的，才能享受免稅的優惠；反之，如免稅產品的產製過程是委託其他營利事業加工者，將會影響甚至喪失享受免稅待遇的資格。
南區國稅局表示，依照免稅所得計算要點的規定，適用5年免稅的公司在免稅產品的產製過程中，將某一生產階段委託其他營利事業加工者，其委託加工之成本占該產品之總製造成本之比例超過30%者，該項產品銷售所得全部不得享受免稅待遇，其在30%以下者，僅就自行製造部分所得，予以免稅待遇。
南部某家專門經營廢棄物清除及處理業務的甲公司95年度所得稅結算申報案，列報適用5年免稅所得2,000餘萬元，甲公司提出說明其均自行清除處理廢棄物，並未委託其他廠商代為處理，故其係按委外加工比率0%計算95年度免稅所得；國稅局初步核對後，甲公司加工費申報數確實為0元，不過，其他製造費用-什費項下卻列支鉅額處理費，引起該局的注意，經進一步查對合約及憑證等相關資料，發現該項處理費是甲公司委託其他廠商代為處理廢棄物所支付的費用，而且該項處理費係依照廢棄物處理範圍計價，所以，該項處理費就是加工費性質，經國稅局予以轉正加工費科目並重新計算甲公司95年度委外加工比率應為32.19%，已超過上述30%之門檻，該局因此核定甲公司95年度全部不得享受5年免稅的獎勵，甲公司必須補繳稅款500餘萬元。
國稅局提醒適用5年免稅的公司要特別注意相關規定，以免影響免稅權益。
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