營利事業所得的計算方式，係以各年度為計算基礎，亦即各年度按收入總額減除各項成本、費用及損失後之金額為所得額，因此，以往年度營業之虧損，原則上不得列入本年度計算，不過，為了提高企業競爭能力及促進稅制公平合理，營利事業如同時符合所得稅法第39條但書所規定的下列4項條件，則得將其經核定的前五年內各期虧損，自本年度所得額扣除後，再行核課：○1營利事業屬公司組織○2會計帳冊簿據完備○3虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證○4如期辦理結算申報。
南區國稅局表示，上述第2項條件「會計帳冊簿據完備」指的是公司應依所得稅法、商業會計法、稅捐稽徵機關管理營利事業會計帳簿憑證辦法等相關規定設置帳簿、記載，並依法取得憑證為要件，如成本費用中之記帳憑證有欠缺，或經核定認有未取得支付憑證，即屬不合上項要件，應不得適用扣除前5年虧損之規定。
某家經營運動用品製造業務之甲公司自92年度開業後，各年度營利事業所得稅結算申報均委託會計師查核簽證申報，甲公司95年度所得稅結算申報案，列報全年所得額900餘萬元，前5年虧損扣除額300餘萬元，課稅所得額600餘萬元。經國稅局查核發現，該公司95年度確有購買鐵材原料1000餘萬元，卻取得非實際交易對象乙公司所開立的發票為記帳憑證，亦即甲公司95年度有未取得合法憑證情形，不符上述公司可扣除前5年虧損應具備「會計帳冊簿據完備」之條件，該局乃否准其扣除前5年虧損金額300餘萬元，甲公司因此需補繳稅款70餘萬元。
國稅局提醒營利事業，應遵守商業會計法及稅法之規定，取具合法憑證並誠實辦理申報，以免因違反規定，喪失租稅優惠。
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