公司投入研發行列，除可藉由研發成果提升產業競爭力外，還可享受最少按支出30﹪的抵稅優惠，尤其是研發支出超過前二年度研發經費平均數部份，抵稅率可由30﹪提高至50﹪，節稅效果相當可觀！
南區國稅局表示，依公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法等規定，公司投資於研發支出，在同一課稅年度得按30﹪抵減應納所得稅額，支出總金額超過「前二年度研發經費平均數」者，超過部份得按50﹪抵減應納稅額。前述所稱「前二年度研發經費平均數」，指公司申報抵減年度前連續「二課稅年度」，經稅捐機關核定准予適用抵減之研發支出金額之平均數。至於「二課稅年度」，係指含括24個月之完整二課稅年度，其未達24個月者，則無50﹪抵減率之適用。
甲公司係90年間設立於南部某科學園區的電子組件製造商，其95年度所得稅結算申報案，列報研發支出2,000餘萬元，並申請抵稅金額600餘萬元（2,000餘萬×30﹪）。經國稅局查核發現其中200餘萬元為非全職研發人員之薪資，不能適用抵稅規定，核定其可適用抵減之研發支出為1,800餘萬元。該局同時發現，甲公司93及94年度經核定的研發支出分別為800餘萬元及1,200餘萬元，二年度的平均數為1,000餘萬元，因此，甲公司95年度研發支出超過1,000餘萬元部份可用50﹪抵稅率，國稅局最後核定其95年度研發支出可抵減稅額為700餘萬元（1,000餘萬×30﹪＋800餘萬×50﹪），甲公司獲得退稅100餘萬元。
該局最後提醒公司特別注意研發支出抵稅之相關規定，以維護自身權益。
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