近來部分營業人因「自大陸進口遭污染乳製品食品安全事件」影響，以致面臨廠商、消費者退貨，或者銷售額下降等情事，財政部除在上週五(97年9月26日)洽詢行政院衛生署，並緊急要求部分地區國稅局指派專人與少數受到該事件嚴重影響之營業人聯繫，以提供必要稅務諮詢服務及相關協助外，另財政部也充分瞭解部分相關業者提出減免營業稅等訴求，確實是因為業者面臨短期的經營困境，因此，財政部在現行法令規範範圍內，將要求各稅捐稽徵機關對於受「自大陸進口遭污染乳製品食品安全事件」影響之營業人所提出之稅捐減免申請案件，覈實認定。換言之，如果營業人確實有遭受損失，或者銷售額確實有下降，稽徵機關就營業人提出申請內容，應儘速提供最大協助。
據財政部說明，受到「自大陸進口遭污染乳製品食品安全事件」影響，營業人如果有遭到退貨或銷售額減少等情形時，可以依據下列方式辦理：
一、銷貨退回部分：依據現行加值型及非加值型營業稅法（以下簡稱營業稅法）第15條第2項、同法施行細則第38條、統一發票使用辦法第20條及財政部81年8月27日台財稅第810836121號函釋規定，營業人可以在發生銷貨退回之當期或次期，提出申報扣減銷項稅額，則該筆銷貨退回之稅額，就會自動從營業人當期之應納稅額中減除。至於營利事業所得稅方面，廠商亦可憑相關憑證核實列報其銷貨退回；嗣後退回之商品如予報廢，可依營利事業所得稅查核準則第101條之1規定，公開發行股票之公司，可依會計師查核簽證報告核實認定其報廢損失；非公開發行股票之公司可於事實發生後15日內檢具清單報請所在地稽徵機關派員勘查監毀或取具事業主管機關監毀之證明文件，核實認定其報廢損失。
二、銷售額減少部分：我國營業稅屬於消費稅性質，因此，營業稅法第1條規定，在我國境內銷售貨物或勞務，應依法課徵營業稅。換言之，如果營業人沒有銷售貨物或勞務，就無需課徵營業稅。在小規模營業人部分，依據營業稅法施行細則第45條規定，小規模營業人之應納稅額由稽徵機關按季查定，另外依據營業稅特種稅額查定辦法第3條第1項規定，小規模營業人如有季節性及其他必須調整銷售額之情形時，稽徵機關得隨時重行查定其銷售額，因此，小規模營業人如果受到「自大陸進口遭污染乳製品食品安全事件」影響，以致影響銷售額者，可以向財政部各地區國稅局申請減免當季之營業稅查定稅額。至於一般課徵加值型營業稅之營業人部分，因為營業人銷售貨物或勞務時，應依據營業稅法第32條規定開立統一發票交付買受人，如果營業人受到上開事件之影響，以致銷售貨物或勞務減少，則未銷售部分，無需開立統一發票，亦無需報繳營業稅，則營業人當期之應納稅額就會自動減少，營業人之稅負也會隨之減輕。同時，我國加值型營業稅係採稅額扣抵法，雖然營業人沒有將貨物銷售出去，但是相關進項稅額仍然可以提出申報扣抵，不會影響到營業人實質租稅負擔。
最後，財政部表示稽徵機關應該要本於為民服務精神，協助相關營業人妥慎處理本事件所面臨稅務問題，但是，營業人最為瞭解所發生問題，相關資料也掌握在其手中，因此，該部籲請受到「自大陸進口遭污染乳製品食品安全事件」之營業人，可以就近與所轄國稅局聯繫，國稅局會提供必要協助，或者向國稅局提出相關租稅減免申請，國稅局也會覈實認定。
