花蓮縣稅務局表示：自民國89 年 1 月 28 日土地稅法修正施行起，作農業使用之農業用地 ，移轉與自然人時，得申請不課徵土地增值稅。依此項規定申請不課徵土地增值稅時，應由權利人及義務人於申報土地移轉現值時，於土地現值申報書註明農業用地字樣提出申請；其未註明者；得於土地增值稅繳納期間屆滿前補行申請，逾期不得申請不課徵土地增值稅。故而，農業用地移轉申請不課徵土地增值稅，必須同時具備「作農業使用之農業用地」及「移轉與自然人」這2項要件，並檢附農業主管機關核發之「農業用地作農業使用證明書」，稅捐稽徵機關才會核准。須檢附證明文件如下：
1. 農業用地作農業使用證明書。
2. 其他文件同一般申報案件（例如買賣契約書、雙方身分證明文件及土地所有權證明文件等。）
花蓮縣稅務局另指出：作農業使用之農業用地，於89年 1月28日修正施行後第一次移轉，或申請不課徵再移轉，依法應課徵土地增值稅時，可申請以89年1 月當期之公告土地現值為原地價，計算漲價總數額，課徵土地增值稅(依土地稅法第39條之2第4項之相關規定)。
